Совет Евразийской экономической комиссии осуществляет общее регулирование интеграционных процессов в Евразийском экономическом союзе,   а также общее руководство деятельностью Комиссии.

Совет Евразийской экономической комиссии осуществляет следующие функции и полномочия:

 - организует работу по совершенствованию правового регулирования деятельности Союза;

-   вносит на утверждение Высшего совета основные направления интеграции в рамках Союза;

-  рассматривает вопрос об отмене решений Комиссии, принятых Коллегией Комиссии, или внесении в них изменений;

- рассматривает результаты мониторинга и контроля исполнения международных договоров, входящих в право Союза;

- вносит на рассмотрение Межправительственного совета ежегодный отчет о мониторинге проведения процедуры оценки регулирующего воздействия;

- утверждает по представлению Председателя Коллегии Комиссии перечень департаментов Комиссии, их структуру и штатную численность, а также распределение их между членами Коллегии Комиссии;

- утверждает квалификационные требования к должностным лицам и сотрудникам Комиссии;

- принимает решение о снятии привилегий и иммунитетов с сотрудников Комиссии по основаниям, предусмотренным Положением о социальных гарантиях, привилегиях и иммунитетах в Евразийском экономическом союзе (приложение N 32 к Договору);

- одобряет проект бюджета Союза;

- одобряет порядок оплаты труда членов Коллегии Комиссии, должностных лиц и сотрудников Комиссии;

- утверждает план по созданию и развитию интегрированной информационной системы Союза;

- в целях обеспечения соблюдения предусмотренных Договором прав граждан государств-членов на трудоустройство в департаменты Комиссии, образует комиссию по этике при Совете Комиссии и утверждает положение о ней;

-  дает поручения Коллегии Комиссии;

- осуществляет иные функции и полномочия в соответствии с Договором, международными договорами в рамках Союза и Регламентом.